無菌室通過空氣的凈化和空間的消毒為微生物實驗一個相對無菌的工作環(huán)境。無菌室是處理樣品和接種培養(yǎng)的主要工作間，安諾凈化應與細菌檢驗操作室緊密相連，無菌室應以下布局：
1.入口避開走廊，設在細菌檢驗操作室內(nèi)
2.與操作室用兩到緩沖間隔開
3.無菌室與緩沖間均裝有紫外燈，要求每3平方安裝30W紫外燈一盞。無菌室內(nèi)光照應分布均勻，工作臺面的光照度應不低于540lx.
4.無菌室內(nèi)設有實驗臺，紫外燈距實驗臺臺面小于1.5米
5.無菌室與操作室之間設有雙層窗構成小通道